Die Geschäftsstelle arbeitet im Auftrag des Vorstandes der Bundesstiftung Aufarbeitung. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sind Ansprechpartner in allen Fragen der laufenden Arbeit der Stiftung. Hierzu zählen insbesondere die Bearbeitung von Projektanträgen, die Projektbetreuung, die Vorbereitung und Durchführung von Veranstaltungen, die Herstellung von Kontakten zwischen den verschiedenen Trägern der Aufarbeitung und die Erarbeitung von Informationsangeboten.